| 国家基础科研与人才培养基地 | |
| 哲学基础学科人才培养和科学研究基地 | 历史学基础学科人才培养和科学研究基地 |
| 经济学基础人才培养基地 | 数学基础科学研究与教学人才培养基地 |
| 物理学基础科学研究与教学人才培养基地 | 化学基础科学研究与教学人才培养基地 |
| 生命科学与技术人才培养基地 | 机械基础课程教学基地 |
| 大学生文化素质教育基地 | |
| 教育部人文社会科学重点研究基地 | |
| 东北亚研究中心 | 边疆考古研究中心 |
| 数量经济研究中心 | 理论法学研究中心 |
| 中国国有经济研究中心 | 哲学基础理论研究中心 |
| “985工程”科技创新平台 | |
| 物质制备科学科技创新平台 | 汽车工程科技创新平台 |
| 高压科学与技术科技创新平台 | 整合生物学科技创新平台 |
| 工程仿生科技创新平台 | 集成光电子学科技创新平台 |
| 东北资源与环境科技创新平台 | 计算与软件科学科技创新平台 |
| “985工程”哲学社会科学创新基地 | |
| 东北亚研究与东北振兴哲学社会科学创新基地 | 中国边疆史地哲学社会科学创新基地 |
| 经济分析与预测哲学社会科学创新基地 | 法律与经济全球化哲学社会科学创新基地 |
| 社会发展理论哲学社会科学创新基地 | |
| 国家工程实验室 | |
| 艾滋病疫苗国家工程实验室 | |
| 国家重点实验室 | |
| 集成光电子国家重点联合实验室 | 理论化学计算国家重点实验室 |
| 超硬材料国家重点实验室 | 汽车动态模拟国家重点实验室 |
| 无机合成与制备化学国家重点实验室 | 超分子结构与材料国家重点实验室 |
| 教育部重点实验室 | |
| 符号计算与知识工程教育部重点实验室 | 分子酶学工程教育部重点实验室 |
| 工程仿生教育部重点实验室 | 汽车材料教育部重点实验室 |
| 病理生物学教育部重点实验室 | 地球信息探测仪器教育部重点实验室 |
| 东北亚生物演化与环境教育部重点实验室 | 人兽共患病研究教育部重点实验室 |
| 相干光与原子分子光谱教育部重点实验室(筹) | |
| 行业部委开放/重点实验室 | |
| 变质动力学开放研究实验室(国土资源部) | |
| 应用地球物理综合解释理论开放研究实验室(国土资源部) | |
| 水资源评价管理系列模型开放研究实验室(国土资源部) | |
| 现代地球物理仪器开放研究实验室(国土资源部) | |
| 复杂条件钻进技术开放研究实验室(国土资源部) | |
| 功能矿物材料应用基础与物化性能检测方法开放研究实验室(国土资源部) | |
| 地球探测技术及仪器实验室(国土资源部) | |
| 通信新技术重点实验室(信息产业部) | 信息科学重点实验室(信息产业部) |
| 通信软科学重点实验室(信息产业部) | 计算机通信重点实验室(信息产业部) |
| 放射生物重点实验室(卫生部) | |
| 中药化学 Ⅲ 级实验室（国家中医药管理局） | 分子生物学 Ⅲ 级实验室 （国家中医药管理局） |
| 部级工程中心 |
| 国家863计划长春特种工程塑料研究开发中心（科技部） |
| 特种工程塑料教育部工程中心（教育部） |
| 吉林省工程中心 | |
| 吉林省光谱分析仪器工程技术中心 | 吉林省测控仪器智能化工程技术中心 |
| 金网格模具工程研究中心 | 吉林省干细胞工程研究中心 |
| 汽车材料工程研究中心 | 高压技术与功能材料工程技术中心 |
| 智能信号识别设备工程技术研究中心 | 通信软件产品线工程技术研究中心 |
| 其他科研机构、实验室 | |
| 政治学理论研究中心 | 技术经济与管理研究中心 |
| 东北亚研究院 | 古籍研究所 |
| 高等教育研究所 | 中国文化研究所 |
| 当代国际关系研究中心 | 邓小平理论研究中心 |
| 社会发展研究中心 | 东北历史与疆域研究中心 |
| 加拿大研究中心 | 知识经济研究中心 |
| 欧洲研究中心 | 日本研究中心 |
| 俄罗斯研究中心 | 朝鲜·韩国研究中心 |
| 信息资源研究中心 | 吉林大学—锦天城金融与法律研究所 |
| 妇女研究中心 | 中国当代马克思主义文艺学研究中心 |
| 中国与周边国家区域合作研究中心 | 东北经济社会协调发展研究中心 |
| “三个代表”重要思想研究中心 | 创业研究中心 |
| 辊锻工艺研究所 | 链传动研究所 |
| 超塑性与塑性研究所 | 理论化学研究所 |
| 原子与分子物理研究所 | 数学研究所 |
| 综合信息矿产预测研究所 | 水资源与环境研究所 |
| 再生医学研究所 | 实验动物中心 |
| 古生物学与地层学研究中心 | 东北亚国际地学研究与教学中心 |
| 吉林大学组合化学研究中心 | 吉林大学车辆检测技术研究与开发中心 |
| 吉林大学前列腺疾病防治中心 | 吉林大学理论物理中心 |
| 计算机科学技术研究所 | 吉林大学汽车运输工程研究中心 |
| 农业机械工程研究院 | 智能仪器与测控技术研究所 |
| 人兽共患病研究所 | 吉林省地面机械仿生技术与仿生功能材料中试基地 |