吉林大学现在的管理机构是根据2004年11月吉林大学制定的《吉林大学治理结构与管理体制改革纲要》设立的。机构分为校部机关和直属单位两类，其中校部机关分为党政职能部门、附属单位、群团组织、派出机构和延伸机构四类；直属单位分为具有部分管理职能的机构和业务机构两类。

    吉林大学是首批进入“211工程”的国家重点建设的大学之一，也是“985工程”国家重点建设的大学之一。现有44个学院和3个教学与研究中心，它们分布在6个校区9个校园内。

    吉林大学是国家基础科学研究与高层次人才培养的重要基地之一，学校拥有国家基础科研与人才培养基地9个，教育部人文社会科学重点研究基地6个，国家工程实验室1个，国家重点实验室6个，教育部重点实验室10个，行业部委开放/重点实验室14个，部级工程中心2个。学校承担了大量国家级和省部级科研项目，取得了许多重大的高水平科研成果。